2.3 Graphiques dans R Markdown

Un fichier R Markdown est un fichier avec une extension .Rmd. Il permet de combiner le langage Markdown que vous avez déjà abordé au premier module avec du code R, tel que celui utilisé dans la première partie de ce module 2.

À vous de jouer !

La vidéo ci-dessous vous montre ce qu’est R Markdown, un format hybride entre Markdown et R bien pratique pour inclure vos graphiques directement dans un rapport. Elle vous montre aussi comment transformer un script R en document R Markdown (ou R Notebook, qui en est une variante). Elle contient des questions “H5P” également.

h5p

Les balises spéciales R Markdown à retenir sont les suivantes :

  • en entrée de chunk R : ```{r} seul sur une ligne. Il est aussi possible de rajouter un nom, par exemple, ```{r graphique1} et/ou des options, par exemple, ```{r, echo=FALSE, results='hide'} pour cacher et le code et le résultat dans le rapport),
  • en sortie de chunk R : ``` seul sur une ligne.

Vous devez bien entendu avoir autant de balises d’entrée que de balises de sortie. Des explications plus détaillées se trouvent dans l’annexe B.1.3 dédiée au R Markdown. De plus, l’écriture d’un rapport d’analyse scientifique doit respecter certaines conventions. Vous trouverez des explications à ce sujet dans l’annexe D.

Vous ne devez bien évidemment pas commencer avec un script R. Vous pouvez commencer d’emblée avec un R Markdown/R Notebook et écrire vos instructions R directement dedans. Il vous est toujours possible d’exécuter ces instructions ligne après ligne dans la fenêtre Console pour les tester tout comme à partir d’un script R.
Pour en savoir plus
  • Communicating results with R Markdown explique la même chose que dans la vidéo, avec plus de détails et des liens vers d’autres documents utiles (en anglais).

  • What is R Markdown?. Vidéo en anglais + site présentant les différentes possibilités, par les concepteurs de R Markdown (RStudio).

  • Introduction to R Markdown. Tutoriel en anglais, par RStudio.

  • R Markdown: the definitive guide est le manuel par excellence pour R Markdown (en anglais uniquement, malheureusement).

  • Aide-mémoire R Markdown, dans les menus de RStudio : Help -> Cheatsheets -> R Markdown Cheat Sheet

  • Référence rapide à Markdown, dans les menus RStudio : Help -> Markdown Quick Reference

  • Introduction à R Markdown. Présentation en français par Agrocampus Ouest, Rennes.

  • Le langage R Markdown. Introduction en français concise, mais relativement complète.

  • Reproducible reports with R Markdown. Une explication en anglais de la raison d’être de R Markdown.

  • Why I love R Notebooks explique (en anglais) pourquoi le format R Notebook est particulièrement bien adapté à la science des données.

À vous de jouer !
  • Vous allez maintenant manipuler un Rmarkdown pour construire de manière interactive une analyse en même temps que le rapport associé.

Réalisez l’assignation A02Ia_21_nuagepoints, partie II.

Si vous êtes un utilisateur non enregistré ou que vous travaillez en dehors d’un cours, faites un “fork” de ce dépôt.

Voyez les explications dans le fichier README.md, partie II.

  • Comparaison du flux de travail en biologie en binôme  : R et Microsoft Word versus R et R Markdown.

Réalisez l’assignation A02Ga_21_workflow.

Si vous êtes un utilisateur non enregistré ou que vous travaillez en dehors d’un cours, faites un “fork” de ce dépôt.

Voyez les explications dans le fichier README.md.