D.2 Contenu
Le rapport sert à restituer de façon synthétique les résultats d’une étude scientifique et les interprétations. Le tout est remis dans le contexte de la bibliographie existante en la synthétisant dans l’introduction et en comparant les résultats avec d’autres études connexes dans la discussion. Il faut garder à l’esprit qu’un lecteur doit comprendre l’intégralité du rapport avec un minimum de connaissances a priori sur l’étude réalisée, mais avec des connaissances générales dans la spécialité. Donc, un rapport sur un sujet biologique est adressé à un lecteur biologiste pour lequel il ne faut pas rappeler les concepts de base dans sa discipline. Par contre, il faut expliquer avec suffisamment de détails comment l’étude a été réalisée dans la section “matériel et méthodes”.
En général, les phrases sont simples, directes, courtes et précises (veillez à utiliser le vocabulaire adéquat et précis). Les explications sont, autant que possible, linéaires. Évitez les renvois dans différentes autres parties du rapport, si ce n’est pour rappeler un élément évoqué plus haut, ou pour se référer à une figure ou une table. À ce sujet, les figures (dont les images, photos, schémas et graphiques) sont numérotées (Figure 1, Figure 2, …) et accompagnées d’une légende en dessous d’elles. La figure et sa légende doivent être compréhensibles telles quelles. Dans le texte, vous pourrez alors vous référer à la figure, par exemple : “Tel phénomène est observable (voir Fig. 3)”, ou “La Figure 4 montre …”. Idem pour les tableaux qui sont également numérotés (Table 1, Table 2, …) et légendés, mais au dessus du tableau. Les règles de lisibilité du tableau + légende et de renvoi vers les tableaux sont identiques que pour les figures. Les équations peuvent aussi être numérotées et des renvois de type (eq. 5) peuvent être alors utilisés. Enfin, toute affirmation doit être soit démontrée dans le rapport, soit complétée d’une citation vers un autre document scientifique qui la démontre. La partie bibliographie regroupe la liste de tous les documents qui sont ainsi cités à la fin du rapport.
Veillez à respecter les notations propres au système métrique international, les abréviations usuelles dans la discipline, et le droit d’auteur et les licences si vous voulez citer un passage ou reprendre une illustration provenant d’un autre auteur (sans omettre d’indiquer qui en est l’auteur). Enfin, en vue de rendre le document parfaitement reproductible, vous pouvez indiquer dans les annexes où trouver la source de votre rapport (le document .Rmd) et les données analysées. Vous pouvez également terminer avec un “chunk” qui renseigne de l’état du système R utilisé, y compris l’ensemble des packages employés. Ce chunk, présenté en annexe, contiendra l’instruction utils::sessionInfo(), ou mieux : sessioninfo::session_info(). Cela donnera quelque chose du genre :
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────
setting value
version R version 4.3.3 (2024-02-29)
os macOS Sonoma 14.6.1
system aarch64, darwin20
ui X11
language (EN)
collate en_US.UTF-8
ctype en_US.UTF-8
tz Europe/Brussels
date 2024-11-15
pandoc 3.2 @ /Applications/RStudio.app/Contents/Resources/app/quarto/bin/tools/aarch64/ (via rmarkdown)
─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────
package * version date (UTC) lib source
abind 1.4-5 2016-07-21 [1] RSPM (R 4.3.0)
anytime 0.3.9 2020-08-27 [1] RSPM (R 4.3.0)
askpass 1.2.0 2023-09-03 [1] RSPM (R 4.3.0)
assertthat 0.2.1 2019-03-21 [1] RSPM (R 4.3.0)
backports 1.4.1 2021-12-13 [1] RSPM (R 4.3.0)
base64enc 0.1-3 2015-07-28 [1] RSPM (R 4.3.0)
bit 4.0.5 2022-11-15 [1] RSPM (R 4.3.0)
bit64 4.0.5 2020-08-30 [1] RSPM (R 4.3.0)
bookdown 0.39 2024-04-15 [1] RSPM (R 4.3.0)
broom * 1.0.5 2023-06-09 [1] RSPM (R 4.3.0)
bslib 0.7.0 2024-03-29 [1] RSPM (R 4.3.0)
cachem 1.0.8 2023-05-01 [1] RSPM (R 4.3.0)
car 3.1-2 2023-03-30 [1] RSPM (R 4.3.0)
carData 3.0-5 2022-01-06 [1] RSPM (R 4.3.0)
chart * 1.5.2 2024-08-02 [1] https://sciviews.r-universe.dev (R 4.3.3)
checkmate 2.3.1 2023-12-04 [1] RSPM (R 4.3.0)
cli 3.6.2 2023-12-11 [1] RSPM (R 4.3.0)
cluster 2.1.6 2023-12-01 [2] CRAN (R 4.3.3)
codetools 0.2-20 2024-03-31 [1] RSPM (R 4.3.0)
collapse * 2.0.13 2024-04-13 [1] RSPM (R 4.3.0)
colorspace 2.1-0 2023-01-23 [1] RSPM (R 4.3.0)
cowplot 1.1.3 2024-01-22 [1] RSPM (R 4.3.0)
crayon 1.5.2 2022-09-29 [1] RSPM (R 4.3.0)
crul 1.4.2 2024-04-09 [1] RSPM (R 4.3.0)
curl 5.2.1 2024-03-01 [1] RSPM (R 4.3.0)
data.io * 1.5.1 2024-08-14 [1] https://sciviews.r-universe.dev (R 4.3.3)
data.table * 1.15.4 2024-03-30 [1] RSPM (R 4.3.0)
deldir 2.0-4 2024-02-28 [1] RSPM (R 4.3.0)
digest 0.6.35 2024-03-11 [1] RSPM (R 4.3.0)
dplyr * 1.1.4 2023-11-17 [1] RSPM (R 4.3.0)
dtplyr * 1.3.1 2023-03-22 [1] RSPM (R 4.3.0)
ellipse 0.5.0 2023-07-20 [1] RSPM (R 4.3.0)
ellipsis 0.3.2 2021-04-29 [1] RSPM (R 4.3.0)
equatiomatic 0.3.4 2024-08-24 [1] https://sciviews.r-universe.dev (R 4.3.3)
evaluate 0.23 2023-11-01 [1] RSPM (R 4.3.0)
fansi 1.0.6 2023-12-08 [1] RSPM (R 4.3.0)
fastmap 1.1.1 2023-02-24 [1] RSPM (R 4.3.0)
flextable 0.9.5 2024-03-06 [1] RSPM (R 4.3.3)
fontBitstreamVera 0.1.1 2017-02-01 [1] RSPM (R 4.3.0)
fontLiberation 0.1.0 2016-10-15 [1] RSPM (R 4.3.0)
fontquiver 0.2.1 2017-02-01 [1] RSPM (R 4.3.0)
forcats * 1.0.0 2023-01-29 [1] RSPM (R 4.3.0)
foreign 0.8-86 2023-11-28 [2] CRAN (R 4.3.3)
Formula 1.2-5 2023-02-24 [1] RSPM (R 4.3.0)
fs * 1.6.3 2023-07-20 [1] RSPM
gdtools 0.3.7 2024-03-05 [1] RSPM (R 4.3.3)
generics 0.1.3 2022-07-05 [1] RSPM (R 4.3.0)
getPass 0.2-4 2023-12-10 [1] RSPM (R 4.3.0)
gfonts 0.2.0 2023-01-08 [1] RSPM (R 4.3.0)
ggplot2 * 3.5.0 2024-02-23 [1] RSPM (R 4.3.0)
ggplotify 0.1.2 2023-08-09 [1] RSPM (R 4.3.0)
ggpubr 0.6.0 2023-02-10 [1] RSPM (R 4.3.0)
ggsignif 0.6.4 2022-10-13 [1] RSPM (R 4.3.0)
glue 1.7.0 2024-01-09 [1] RSPM (R 4.3.0)
gridExtra 2.3 2017-09-09 [1] RSPM (R 4.3.0)
gridGraphics 0.5-1 2020-12-13 [1] RSPM (R 4.3.0)
gtable 0.3.4 2023-08-21 [1] RSPM (R 4.3.0)
Hmisc 5.1-2 2024-03-11 [1] RSPM (R 4.3.0)
hms 1.1.3 2023-03-21 [1] RSPM (R 4.3.0)
htmlTable 2.4.2 2023-10-29 [1] RSPM (R 4.3.0)
htmltools 0.5.8.1 2024-04-04 [1] RSPM (R 4.3.0)
htmlwidgets 1.6.4 2023-12-06 [1] RSPM (R 4.3.0)
httpcode 0.3.0 2020-04-10 [1] RSPM (R 4.3.0)
httpuv 1.6.15 2024-03-26 [1] RSPM (R 4.3.0)
httr 1.4.7 2023-08-15 [1] RSPM (R 4.3.0)
httr2 1.0.1 2024-04-01 [1] RSPM (R 4.3.0)
igraph 2.0.3 2024-03-13 [1] RSPM (R 4.3.0)
interp 1.1-6 2024-01-26 [1] RSPM (R 4.3.0)
jpeg 0.1-10 2022-11-29 [1] RSPM (R 4.3.0)
jquerylib 0.1.4 2021-04-26 [1] RSPM (R 4.3.0)
jsonlite 1.8.8 2023-12-04 [1] RSPM (R 4.3.0)
keyring 1.3.2 2023-12-11 [1] RSPM (R 4.3.0)
knitr 1.46 2024-04-06 [1] RSPM (R 4.3.0)
later 1.3.2 2023-12-06 [1] RSPM (R 4.3.0)
lattice * 0.22-6 2024-03-20 [1] RSPM (R 4.3.0)
latticeExtra 0.6-30 2022-07-04 [1] RSPM (R 4.3.0)
learnitdown 1.8.0 2024-09-15 [1] Github (learnitr/learnitdown@90320c2)
learnr 0.11.5 2023-09-28 [1] RSPM (R 4.3.0)
lifecycle 1.0.4 2023-11-07 [1] RSPM (R 4.3.0)
lubridate 1.9.3 2023-09-27 [1] RSPM (R 4.3.0)
magick 2.8.3 2024-02-18 [1] RSPM (R 4.3.0)
magrittr 2.0.3 2022-03-30 [1] RSPM (R 4.3.0)
MASS * 7.3-60.0.1 2024-01-13 [2] CRAN (R 4.3.3)
memoise 2.0.1 2021-11-26 [1] RSPM (R 4.3.0)
mime 0.12 2021-09-28 [1] RSPM (R 4.3.0)
mongolite 2.7.3 2023-12-04 [1] RSPM (R 4.3.0)
munsell 0.5.1 2024-04-01 [1] RSPM (R 4.3.0)
nanotime 0.3.7 2022-10-24 [1] RSPM (R 4.3.0)
nnet 7.3-19 2023-05-03 [2] CRAN (R 4.3.3)
officer 0.6.5 2024-02-24 [1] RSPM (R 4.3.0)
openssl 2.1.1 2023-09-25 [1] RSPM (R 4.3.0)
pillar 1.9.0 2023-03-22 [1] RSPM (R 4.3.0)
pkgconfig 2.0.3 2019-09-22 [1] RSPM (R 4.3.0)
PKI 0.1-12 2022-11-28 [1] RSPM (R 4.3.0)
png 0.1-8 2022-11-29 [1] RSPM (R 4.3.0)
promises 1.3.0 2024-04-05 [1] RSPM (R 4.3.0)
proto 1.0.0 2016-10-29 [1] RSPM (R 4.3.0)
pryr 0.1.6 2023-01-17 [1] RSPM (R 4.3.0)
purrr 1.0.2 2023-08-10 [1] RSPM (R 4.3.0)
R6 2.5.1 2021-08-19 [1] RSPM (R 4.3.0)
ragg 1.3.0 2024-03-13 [1] RSPM (R 4.3.0)
rappdirs 0.3.3 2021-01-31 [1] RSPM (R 4.3.0)
RColorBrewer 1.1-3 2022-04-03 [1] RSPM (R 4.3.0)
Rcpp 1.0.12 2024-01-09 [1] RSPM (R 4.3.0)
RcppCCTZ 0.2.12 2022-11-06 [1] RSPM (R 4.3.0)
readr 2.1.5 2024-01-10 [1] RSPM (R 4.3.0)
remotes 2.5.0 2024-03-17 [1] RSPM (R 4.3.0)
rlang * 1.1.3 2024-01-10 [1] RSPM (R 4.3.0)
rmarkdown 2.26 2024-03-05 [1] RSPM (R 4.3.0)
roxygen2 7.3.1 2024-01-22 [1] RSPM (R 4.3.0)
rpart 4.1.23 2023-12-05 [1] RSPM (R 4.3.0)
rprojroot 2.0.4 2023-11-05 [1] RSPM (R 4.3.0)
rstatix 0.7.2 2023-02-01 [1] RSPM (R 4.3.0)
rstudioapi 0.16.0 2024-03-24 [1] RSPM (R 4.3.0)
sass 0.4.9 2024-03-15 [1] RSPM (R 4.3.0)
scales 1.3.0 2023-11-28 [1] RSPM (R 4.3.0)
SciViews * 1.8.0 2024-09-01 [1] local
sessioninfo 1.2.2 2021-12-06 [1] RSPM (R 4.3.0)
shiny 1.8.1.1 2024-04-02 [1] RSPM (R 4.3.0)
shinylogs 0.2.1 2022-04-18 [1] RSPM (R 4.3.0)
shinytoastr 2.2.0 2023-08-30 [1] RSPM (R 4.3.0)
stringi 1.8.3 2023-12-11 [1] RSPM (R 4.3.0)
stringr 1.5.1 2023-11-14 [1] RSPM (R 4.3.0)
svBase * 1.4.0 2024-08-04 [1] https://sciviews.r-universe.dev (R 4.3.3)
svFlow * 1.2.1 2024-07-30 [1] https://sciviews.r-universe.dev (R 4.3.3)
svMisc * 1.4.3 2024-11-14 [1] local
systemfonts 1.0.6 2024-03-07 [1] RSPM (R 4.3.0)
tabularise * 0.6.3 2024-08-09 [1] https://sciviews.r-universe.dev (R 4.3.3)
textshaping 0.3.7 2023-10-09 [1] RSPM (R 4.3.0)
tibble * 3.2.1 2023-03-20 [1] RSPM (R 4.3.0)
tidyr * 1.3.1 2024-01-24 [1] RSPM (R 4.3.0)
tidyselect 1.2.1 2024-03-11 [1] RSPM (R 4.3.0)
timechange 0.3.0 2024-01-18 [1] RSPM (R 4.3.0)
tinytable 0.2.1 2024-03-28 [1] RSPM (R 4.3.0)
tsibble 1.1.4 2024-01-29 [1] RSPM (R 4.3.0)
tzdb 0.4.0 2023-05-12 [1] RSPM (R 4.3.0)
utf8 1.2.4 2023-10-22 [1] RSPM (R 4.3.0)
uuid 1.2-0 2024-01-14 [1] RSPM (R 4.3.0)
vctrs 0.6.5 2023-12-01 [1] RSPM (R 4.3.0)
viridis 0.6.5 2024-01-29 [1] RSPM (R 4.3.0)
viridisLite 0.4.2 2023-05-02 [1] RSPM (R 4.3.0)
webshot 0.5.5 2023-06-26 [1] RSPM (R 4.3.0)
withr 3.0.0 2024-01-16 [1] RSPM (R 4.3.0)
xfun 0.43 2024-03-25 [1] RSPM (R 4.3.0)
xml2 1.3.6 2023-12-04 [1] RSPM (R 4.3.0)
xtable 1.8-4 2019-04-21 [1] RSPM (R 4.3.0)
yaml 2.3.8 2023-12-11 [1] RSPM (R 4.3.0)
yulab.utils 0.1.4 2024-01-28 [1] RSPM (R 4.3.0)
zeallot 0.1.0 2018-01-28 [1] RSPM (R 4.3.0)
zip 2.3.1 2024-01-27 [1] RSPM (R 4.3.0)
zoo 1.8-12 2023-04-13 [1] RSPM (R 4.3.0)
[1] /Users/phgrosjean/Library/R/arm64/4.3/library
[2] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.3-arm64/Resources/library
──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────D.2.1 Table des matières
La table des matières est d’une importance capitale pour un long document (mais facultative pour un plus court rapport) afin de présenter la structure de votre œuvre aux lecteurs. Heureusement, il n’est pas nécessaire de l’écrire manuellement. La table des matières est générée automatiquement dans un rapport R Markdown. L’instruction à ajouter dans le préambule du document pour obtenir une table des matières est toc: yes ou toc: true (ne l’encodez pas directement, mais sélectionnez l’option Include table of contents dans les options de formatage du document accessibles à partir du bouton engrenage à droite de Preview || Prévisualiser ou Knit || Tricoter et ensuite Output Options... || Options de sortie... pour les documents R Notebook ou R Markdown, mais pour Quarto, vous devrez rentrer le paramétrage manuellement dans l’entête). Lorsque vous fermerez cette boite de dialogue de configuration, l’entrée ad hoc sera ajoutée pour vous dans le préambule.
Vous pouvez aussi choisir de numéroter vos titres automatiquement. L’instruction à ajouter en plus de toc: yes dans le préambule pour avoir des titres numérotés est number_sections: yes (number-sections: true pour un document Quarto). Encore une fois, passez par la boite de dialogue de configuration, et cochez-y l’entrée Number section headings.
Voyez l’animation ci-dessous pour accéder à la boite de dialogue de configuration du document R Markdown/R Notebook.
D.2.2 Introduction
L’introduction d’un travail scientifique a pour principal objectif de replacer l’étude scientifique réalisée dans son contexte. La règle la plus importante est qu’un lecteur n’ayant jamais entendu parler de cette étude doit comprendre l’intégralité du rapport. L’introduction doit donc permettre de :
- Remettre l’expérience dans son contexte,
- Décrire le ou les organismes étudiés : par exemple, caractéristiques générales, distribution géographique, biotope…
Notez que l’ajout d’images ou d’une carte de distribution est un plus dans l’introduction.
D.2.3 But
Le but permet de synthétiser la question posée en fonction du contexte de l’expérience expliqué dans l’introduction. Il s’agit donc généralement d’un seul paragraphe court.
D.2.4 Matériel & méthodes
La section matériel & méthodes permet de décrire les aspects techniques de l’étude comme le matériel employé et les méthodes mises en œuvre (protocoles des manipulations et des mesures effectuées) pour acquérir les données. Cette section est également le lieu de description des techniques statistiques utilisées pour analyser les données, des programmes informatiques employés (pensez toujours à citer un logiciel en indiquant son nom et son numéro de version ainsi qu’un lien vers où le trouver)…
Citer RStudio comme étant le logiciel qui a servi à
faire les calculs statistiques est une erreur fréquence. En effet, c’est
bien dans RStudio que vous travaillez. Mais en fait, les calculs sont
réalisés en arrière plan dans le logiciel R. C’est ce
dernier qu’il faut donc citer. Pour connaitre la version de R utilisez,
regardez en haut de l’onglet Console de RStudio. Vous
pouvez aussi utiliser l’instruction R R.version.string pour
obtenir la version de R utilisée. Vous pouvez inclure cette instruction
dans un “chunk en ligne” dans le texte qui s’écrit comme ceci :
r . Pour citer R lui-même dans les
références, vous pouvez utiliser l’instruction r R.version.stringcitation()
dans la Console de RStudio (une version bibtex de la citation est même
proposée).
D.2.5 Résultats
Les résultats vont généralement contenir deux parties :
- La description des données, via l’exploration des données récoltées (avec graphiques et/ou estimateurs statistiques)
- L’application des outils statistiques pertinents pour répondre à la question posée
D.2.6 Discussion
Cette section reprend l’interprétation biologique des résultats et la remise dans un contexte plus général, notamment en comparant ces résultats à des observations connexes réalisées par d’autres auteurs. Il est crucial d’avoir un regard critique sur les résultats obtenus. Cette mise en contexte aide en ce sens.
D.2.7 Conclusion(s)
La section conclusion(s) (et perspectives) va résumer les principales implications à retenir de notre étude et éventuellement, proposer des perspectives afin de poursuivre la recherche dans cette thématique.
D.2.8 Bibliographie (ou références)
La rédaction de travaux s’appuie toujours sur une recherche bibliographique au préalable. Il faut documenter convenablement les sources bibliographiques au sein de cette section pour éviter le plagiat volontaire ou involontaire. Une multitude de programmes existent pour faciliter la gestion de votre base de données bibliographique comme Zotero, Mendeley, ou encore Endnote.
- Pour générer correctement ses références bibliographiques dans un document R Markdown/R Notebook, consulter ceci. Pour un document Quarto, lisez ceci. Il s’agit de manuels en anglais qui expliquent comment encoder sa bibliographie et comment la citer dans le texte à l’aide de balises Markdown spécifiques.