12.2 Communication
Savoir communiquer ses résultats est vital en science des données. Ce n’est pas si facile car il faut pouvoir simplifier les analyses et utiliser au mieux les visuels (c’est-à-dire, les graphiques) pour raconter une histoire qui soit à la fois captivante et compréhensible. Communiquer le fruit de ses recherches de la meilleure façon qui soit pour que les non-initiés puissent le comprendre fait partie du bagage indispensable du scientifique des données.
Hans Rosling est sans nuls doute très doué pour communiquer des résultats statistiques. La vidéo suivante est un peu longue (20min) et en anglais, mais elle en vaut vraiment la peine59. De plus, il explique à quel point il est important de partager et de rassembler les données dans des grandes bases de données, et ensuite d’en tirer des études utiles pour l’humanité. C’est l’avenir des sciences des données, y compris en biologie, qu’il est en train de prédire là.
12.2.1 Présentations R Markdown
Parmi tous les formats R Markdown, il en existe plusieurs adaptés aux présentations de type “PowerPoint”. Le format R Presentation est très simple et parfaitement intégré dans RStudio. Divers formats compilés depuis R Markdown sont également disponibles. Les formats ioslides ou Slidy, ou encore mdshower ou xaringan sont adaptés au explorateur Web. Le format Beamer permet de créer une présentation en PDF. Enfin, il est possible de compiler sa présentation au format PowerPoint.
Le format R Presentation (menu File -> New file -> R Presentation dans RStudio) est très simple pour créer des diapositives de présentation directement depuis Markdown sous forme HTML, et pouvant s’exécuter dans RStudio ou dans un explorateur Web.
Ce type de présentation est très bien intégré dans RStudio. Outre l’édition au format R Markdown la présentation elle-même apparait dans un onglet spécial Presentation en haut à droite qui n’interfère pas avec les autres onglets. Par contre, les possibilités de personnalisation sont plutôt limitées.
Deux formats basés sur le HTML et JavaScript (comprenez, des formats qui s’exécutent dans un explorateur Web) sont aussi proposés par défaut via les types de documents R Markdown (menu File -> New File -> R Markdown, puis Presentation).
Les deux formats Web par défaut sont ioslides et Slidy. L’apparence et les fonctionnalités des deux systèmes diffèrent quelque peu. Le mieux est de tester les deux et de choisir celui qu’on préfère. La présentation apparait dans une fenêtre séparée. Les possibilités de personnalisation sont plus poussées, mais elles se font à l’aide de feuilles de styles au format CSS. Cela impose de comprendre leur logique.
Une troisième option est de compiler un document PDF de présentation en passant par le package Beamer sous LaTeX. L’avantage est que c’est lisible partout. L’inconvénient : seul du contenu statique est accepté (pas de gifs animés, pas de vidéos ou difficilement directement dans la présentation). Sinon, les possibilités de personnalisation sont immenses60.
Avec le format Beamer, vous voyez le PDF résultant dans une fenêtre séparée. Cette fenêtre ne permet pas de lancer la présentation. Il vous faut l’ouvrir dans un lecteur PDF séparé qui offre cette fonctionnalité (Acrobat Reader, Mac Preview, SumatraPDF sous Windows, eVince sous Linux, …) pour visionner votre présentation confortablement.
La quatrième option est de compiler un document au format PowerPoint. Il n’est pas possible d’avoir une prévisualisation avec ce format. Il vous faut l’ouvrir dans un lecteur de fichier PowerPoint. Il est possible de personnaliser ce format à l’aide d’un template comme présenter dans la section sur les présentations PowerPoint du livre R Markdown : The definitive Guide.
Les quatre formats ioslides, Slidy, Beamer et PowerPoint sont parfaitement intégrés à RStudio, avec un menu contextuel dans le bouton Knit qui permet de passer facilement de l’un à l’autre pour autant que vous n’utilisez pas des balises spécifiques à l’un de ces quatre formats.
Enfin, quelques packages R additionnels proposent d’autres formats de présentation. Dans la SciViews Box, vous avez le package mdshower qui propose le moteur de présentation Shower, et xaringan qui propose un moteur particulièrement sophistiqué et flexible. Ces outils sont plus spécialisés, mais aussi plus puissants pour créer des présentations au format HTML à visionner dans un explorateur Web.
Quel type de présentation R Markdown choisir au final ? Toute cette panoplie d’options ne facilite pas notre choix. En fait, c’est plus une question de goût personnel. Essayez les différentes options par vous-même. Le choix principal est au final entre un format HTML ou PDF. Le format PDF est, par définition, plus portable. Cependant, il ne permet que du contenu statique. Si vous avez des gifs animés, des graphiques interactifs, ou des vidéos, alors orientez-vous plutôt vers un moteur HTML/Javascript.
Dans la prochaine version de la SciViews Box, il sera également possible de générer ses présentations directement au format PowerPoint.
À vous de jouer !
Note :Il est indispensable de savoir synthétiser un travail complexe. Dans votre carrière de chercheur, vous serez souvent confronté à devoir réaliser des présentations. Réalisez une présentation de maximum 5 diapositives dans le format de votre souhait.
Réalisez en groupe l’assignation A08Ga_human_health, partie IV.
Si vous êtes un utilisateur non enregistré ou que vous travaillez en dehors d’un cours, faites un “fork” de ce dépôt.
Voyez les explications dans le fichier README.md, partie IV.