Module 1 Introduction
Objectifs
Se familiariser avec les outils de base (SciViews Box, RStudio, Markdown, Git, GitHub).
Maîtriser la terminologie particulière liée à Git (un système de gestion de versions de vos documents que nous utiliserons intensivement ensuite).
Réaliser son premier document écrit en Markdown, un système de formatage de texte et repérer les différentes sections d’un fichier R Markdown (entête YAML, zones Markdown et chunks de code).
Prérequis
Les liens cliquables qui vont sont proposés dans ce cours ont été sélectionné pour vous. La section Prérequis vous permet de vous assurer que vous avez toutes les connaissances nécessaires pour aborder le module dans les meilleures conditions possibles.
Cliquez sur ces liens
Tous les exercices de ce cours vont être réalisés sur un ordinateur. De ce fait, vous devez en maîtriser les éléments de base. Un ordinateur peut sembler être un outil simple et familier. Il est pourtant bien plus complexe qu’il n’y parait.
- Gestion des comptes sur votre ordinateur
Il n’est pas rare d’avoir un ordinateur qui soit utilisé par plusieurs personnes. Afin que chaque utilisateur puisse avoir un espace personnel dédié, vous allez devoir créer plusieurs comptes. Vous retrouvez la procédure sous Windows et sous MacOS. Chaque type de compte ne se vaut pas. Le compte administrateur est le compte qui a le plus de droits sur un ordinateur. Il faut par exemple avoir les droits d’un compte administrateur pour pouvoir installer la plupart des logiciels. Si plusieurs étudiants utilisent un même ordinateur, vous devez obligatoirement créer des comptes séparés, sans quoi l’activité des différents utilisateurs sera capturée de manière erronée dans la base de données liée au cours et votre progression ne sera pas notée correctement !
- Organisation des fichiers sur un ordinateur
Votre ordinateur contient un ou plusieurs disques durs. Une arborescence de dossiers va être mise en place afin de ranger les fichiers sur chaque disque dur. On peut se représenter chaque disque comme une armoire avec des tiroirs. Les principaux dossiers sont le dossier bureau (desktop), documents (documents) ou encore téléchargements (downloads). Vous devez comprendre les bases de l’organisation des dossiers et des fichiers dans votre ordinateur, ainsi que leur manipulation via l’explorateur de fichiers (Windows) ou le Finder (MacOS) avant d’aborder le module.
- Terminologie de base
Lorsque vous travaillez sur un ordinateur, vous interagissez avec un certain nombre d’éléments dont il est important de connaitre le nom. Si vous n’êtes pas familier avec cette terminologie, voyez les éléments qui composent un ordinateur et les pages suivantes qui sont proposées si nécessaire. Imprégnez-vous aussi du vocabulaire de base.
- Raccourcis clavier
Les raccourcis clavier vous permettent d’optimiser votre productivité. Prenez un peu de temps pour vérifier que vous en connaissez les principaux via ces pages : sous Windows, sous MacOS ou encore sous Linux Ubuntu. Les raccourcis clavier ne sont pas indispensables, mais ils vous feront gagner du temps lors des exercices, cela peut être très utile lorsque le temps est limité.
- Captures d’écran
Lorsque vous rencontrez un problème avec votre ordinateur ou un de ses logiciels, une capture d’écran bien réalisée permet souvent d’illustrer utilement votre question sur un forum et peut remplacer une longue explication textuelle. Vous pouvez retrouver des tutoriels pour réaliser une capture d’écran sous Windows ou sous Mac. Le plus important est de cibler la zone à capturer. Il est donc bien souvent inutile de sélectionner tout le bureau de l’ordinateur, voire toute la fenêtre de l’application. Durant les cours de science des données, vous serez amené à poser des questions et à illustrer vos propos à l’aide de copies d’écran. Vous êtes supposé capable de le faire. Les photos d’écran prises à l’aide d’un smartphone ne sont pas acceptables, car elles sont toujours bien moins lisibles que la copie directe de l’écran avec les outils ad hoc.
À vous de jouer !
Rappel : lorsque vous voyez le petit logo “H5P” comme ci-dessous, cela signifie que vous avez maintenant un exercice interactif. Cet exercice peut prendre différentes formes (quiz, présentation ou vidéo contenant des questions, vrais ou faux, cliquer sur une image, …).
- Navigateurs Web
Un navigateur Web est un logiciel qui permet d’accéder au Web. Le Web n’est pas un synonyme d’Internet comme vous pouvez le lire dans la formation comprendre le Web d’Open Classroom. Les navigateurs Web principaux sont Google Chrome, Microsoft Edge, Mozilla Firefox ou encore Safari sous MacOS. Pour ce cours en ligne, vous allez devoir naviguer sur le Web et utiliser divers outils comme RStudio Server qui sont accessibles depuis une page Web. Par conséquent, vous devez être capable d’utiliser un navigateur Web pour afficher des pages, effectuer une recherche, créer une liste de “bookmarks”, etc. Chaque navigateur Web a ses particularités et les pages que vous utiliserez ne fonctionnent pas forcément toutes avec ces différents navigateurs. Nous ne pouvons pas les tester avec toutes les options possibles (type de navigateur, version et système Windows, MacOS ou Linux, cela fait énormément de combinaisons possibles). Par conséquent, nous sommes obligés de restreindre la liste des navigateurs Web utilisables pour le cours à la version la plus récente de Google Chrome (tous systèmes) ou Edge (sous Windows), ou Safari (sous MacOS) ou Chromium (sous Linux). Les autres (Firefox, Opera, Brave, Vivaldi, Internet Explorer, etc.) ne sont pas autorisés, car non testés, ou incompatibles. Firefox en particulier, ne fonctionne pas avec différentes pages du cours, de GitHub ou autres.
Le préambule de ce cours vous a également permis d’en apprendre davantage sur le matériel pédagogique, l’approche pédagogique ou encore la méthode d’évaluation. Vérifiez votre compréhension des notions vues avec l’exercice suivant.
À vous de jouer !
Note : les tutoriels learnrs vous permettent d’autoévaluer l’acquis de connaissances et de compétences. Dans le cours, ils sont marqués d’une icône en forme de toque verte. Ils s’exécutent directement dans RStudio à l’intérieur de la SciViews Box. Vous copiez l’instruction BioDataScience1::run("A00La_discovery") et la collez dans l’onglet Console de RStudio. Ensuite, vous validez la commande en cliquant sur la touche <entrée> et le tutoriel doit se lancer. Vous pouvez ouvrir ensuite le tutoriel dans sa propre fenêtre plus spacieuse en cliquant sur le second bouton de la barre d’outils en forme de petite fenêtre avec une flèche blanche.
Effectuez maintenant les exercices du tutoriel A00La_discovery (Découverte de learnr).
BioDataScience1::run("A00La_discovery")Vous pouvez aussi voir (ou revoir) les dias de la présentation qui vous est faite en première séance.