5.2 Types de variables

Lors de la réalisation de graphiques dans les modules précédents vous avez compris que toutes les variables ne sont pas équivalentes. Certains graphiques sont plutôt destinés à des variables qualitatives (par exemple, graphique en barres), alors que d’autres représentent des données quantitatives comme le nuage de points.

(biometry <- read("biometry", package = "BioDataScience", lang = "fr"))

# # A tibble: 395 x 7
#    gender day_birth  weight height wrist year_measure   age
#    <fct>  <date>      <dbl>  <dbl> <dbl>        <dbl> <dbl>
#  1 M      1995-03-11    69.   182.  15.0        2013.   18.
#  2 M      1998-04-03    74.   190.  16.0        2013.   15.
#  3 M      1967-04-04    83.   185.  17.5        2013.   46.
#  4 M      1994-02-10    60.   175.  15.0        2013.   19.
#  5 W      1990-12-02    48.   167.  14.0        2013.   23.
#  6 W      1994-07-15    52.   179.  14.0        2013.   19.
#  7 W      1971-03-03    72.   167.  15.5        2013.   42.
#  8 W      1997-06-24    74.   180.  16.0        2013.   16.
#  9 M      1972-10-26   110.   189.  19.0        2013.   41.
# 10 M      1945-03-15    82.   160.  18.0        2013.   68.
# # ... with 385 more rows

La Figure 5.1 montre deux boites de dispersion parallèles différentes. Laquelle de ces deux représentations est incorrecte et pourquoi ?

a <- chart(biometry, height ~ gender %fill=% gender) +
  geom_boxplot() 

b <- chart(biometry, height ~ weight %fill=% gender) +
  geom_boxplot()

combine_charts(list(a, b), common.legend = TRUE)

# Warning: position_dodge requires non-overlapping x intervals

Figure 5.1: Boites de dispersion parallèles de la taille (height) en fonction de A. une variable qualitative (gender) et B. une variable quantitative (weight) et couleur en fonction de gender`

C’est la figure 5.1B qui tente de représenter une variable quantitative numérique heightsous forme de boites de dispersion parallèles (correct), mais en fonction d’une variable de découpage en sous-ensemble (weight) qui est elle-même une variable quantitative, … alors qu’une variable qualitative telle que gender aurait dû être utilisée (comme dans la Fig. 5.1A). Dans le cas présent, R a bien voulu réaliser le graphique (avec juste un petit message d’avertissement), mais comment l’interpréter ? Dans d’autres situations, il vous renverra purement et simplement un message d’erreur.

Les jeux de données, lorsqu’ils sont bien encodés (tableaux “cas par variables”, en anglais on parlera de tidy data) sont en fait un ensemble de variables en colonnes mesurées sur un ensemble d’individus en lignes. Vous avez à votre disposition plusieurs types de variables pour personnaliser le jeu de données. Deux catégories principales de variables existent, chacune avec deux sous-catégories :

• Les variables quantitatives sont issues de mesures quantitatives ou de dénombrements
  • Les variables quantitatives continues sont représentées par des valeurs réelles (double dans R)
  • Les variables quantitatives discrètes sont typiquement représentées par des entiers (integer dans R)
• Les variables qualitatives sont constituées d’un petit nombre de valeurs possibles (on parle des niveaux de la variables ou de leurs modalités)
  • Les variables qualitatives ordonnées ont des niveaux qui peuvent être classés dans un ordre du plus petit au plus grand. elles sont typiquement représentées dans R par des objets ordered.
  • Les variables qualitatives non ordonnées ont des niveaux qui ne peuvent être rangés et sont typiquement représentées par des objets factor en R

Il existe naturellement encore d’autres types de variables. Les dates sont représentées, par exemple, par des objets Date, les nombres complexes par complex, les données binaires par raw, etc.

La fonction skim() du package skimr permet de visualiser la classe de la variable et bien plus encore. Elle fournit un résumé différent en fonction du type de la variable et propose, par exemple, un histogramme stylisé pour les variables numériques comme le montre le tableau ci-dessous.

skimr::skim(biometry)

# Skim summary statistics
#  n obs: 395 
#  n variables: 7 
# 
# Variable type: Date 
#   variable missing complete   n        min        max     median n_unique
#  day_birth       0      395 395 1927-08-29 2000-08-11 1988-10-05      210
# 
# Variable type: factor 
#  variable missing complete   n n_unique            top_counts ordered
#    gender       0      395 395        2 M: 198, W: 197, NA: 0   FALSE
# 
# Variable type: numeric 
#      variable missing complete   n    mean    sd     p0    p25    p50  p75
#           age       0      395 395   35.34 17.32   15     19     27     50
#        height       0      395 395  170.71  9.07  146    164    171    177
#        weight       0      395 395   71.2  15.45   41.5   59     69.3   80
#         wrist       2      393 395   16.65  1.67   10     15.5   16.5   18
#  year_measure       0      395 395 2015.32  1.61 2013   2014   2016   2017
#  p100     hist
#    89 ▇▂▁▅▂▁▁▁
#   193 ▁▂▆▆▇▅▃▁
#   131 ▂▇▇▆▂▁▁▁
#    23 ▁▁▂▇▇▂▁▁
#  2017 ▅▅▁▁▁▅▁▇

Avec une seule instruction, on obtient une quantité d’information sur notre jeu de données comme le nombre d’observations, le nombre de variables et un traitement spécifique pour chaque type de variable. Cette instruction permet de visualiser et d’appréhender le jeu de données mais ne doit généralement pas figurer tel quel dans un rapport d’analyse.