Matériel pédagogique

Le matériel pédagogique, rassemblé dans ce syllabus interactif, est aussi varié que possible. Vous pourrez ainsi piocher dans l’offre en fonction de vos envies et de votre profil d’apprenant pour optimiser votre travail. Vous trouverez :

  • le présent ouvrage en ligne,

  • des exercices H5P en ligne repérables par le logo h5p sur lequel vous pouvez cliquer pour avoir plus d’infos sur leur utilisation,

  • des applications Shiny qui sont des véritables petits programmes avec interface Web écrits en R. Ils vous démontrent “en live” certains concepts. Ces applications doivent être lancées en cliquant sur l’image contenant le logo app et elles doivent être quittées avec le bouton Quit ou Savz & Quit si l’enregistrement est activé. Vous soumettez une réponse avec le bouton Submit et une notification vous indique le niveau de réussite de l’exercice. Votre activité n’est prise en compte que si vous cliquez ensuite sur Save & Quit. Si le serveur distant est trop lent ou indisponible, il est aussi possible de lancer ces applications Shiny directement dans RStudio (voir le message en italique qui apparaît en dessous de l’application),

  • des tutoriels interactifs learnr. Vous pourrez exécuter ces tutoriels directement sur votre ordinateur dans RStudio, et vous aurez alors accès à des pages Web réactives contenant des explications, des exercices et des quiz en ligne dans votre environnement de travail habituel. Ces tutoriels sont repérables dans l’ouvrage par l’icône suivante tuto,

  • des dépôts GitHub Classroom dans la section BioDataScience-Course pour réaliser et documenter vos travaux personnels. Les liens vers ces dépôts sont repérables par l’icône GitHub assign,

  • des renvois vers des documents externes en ligne, des vidéos Youtube ou Vimeo, des ouvrages en ligne en anglais ou en français, des blogs, des tutoriels, des questions sur des sites comme Stackoverflow ou dans des mailing lists R, de X (ex Twitter)…

  • des diapositives de présentations distribuées via le dépôt sdd_lessons sur BioDataScience-Course.

Tout ce matériel est accessible à partir du site Web du cours, et du présent syllabus interactif.

Tout ce matériel est accessible à partir du site Web du cours, du présent syllabus interactif et de Moodle pour les étudiants de l’UMONS.

Les travaux personnels seront à réaliser dans une machine virtuelle préconfigurée, la ‘SciViews Box’, que nous installerons ensemble durant la séance introductive. Nous installerons une nouvelle version de la SciViews Box et vous aurez différentes manipulations à réaliser dans Saturn Cloud pour pouvoir utiliser le matériel du cours. Il est donc très important que vous soyez présent•e durant cette première séance !

Vous pourrez poser vos questions par mail à l’adresse sdd@sciviews.org ou dans les “issues” du dépôt GitHub de ce cours. L’accès à ce dépôt vous sera donné au début du cours.

Un outil d’annotation et de surlignage est intégré dans le cours en ligne. Il vous permet :

  • de personnaliser votre cours en écrivant dedans comme vous le feriez avec un syllabus papier (annotations privées… tout ce qui vous passe par la tête).

  • d’échanger des informations complémentaires entre vous (par exemple, trucs et astuces supplémentaires, liens utiles, etc.) ou avec vos enseignants (passages moins clairs ou lacunes éventuelles). Soyez constructif dans vos commentaires publics et réservez vos questions pour les “issues”. Nous tiendrons compte de vos remarques pour améliorer le cours pour les années suivantes.

Pour annoter ou surligner, vous sélectionnez du texte et vous cliquez sur l’un des deux boutons Annotate ou Highlight qui apparaissent. Vous devez vous créer un compte (gratuit) sur hypothes.is auparavant. Vos annotations publiques sont à poster dans le groupe BioDataScience-Course. Vous devez vous y abonner en cliquant sur ce lien et ensuite sélectionner ce groupe dans la barre d’outils en haut du panneau d’annotation avant d’ajouter vos commentaires, qu’ils soient personnels ou de groupe.