Module 6 Statistiques spatiales
Le cours SDD IV, comme son nom l’indique, est essentiellement axé vers le développement de pratiques qui rendront vos analyses reproductibles. Cela signifie que quelqu’un d’autre pourra reprendre vos analyses et générer exactement les mêmes résultats, tableaux et graphiques.
Nous abordons plusieurs modules supplémentaires par rapport à la matière des 3 premiers cours.
Le premier module (celui-ci, module 6) se focalise sur l’analyse de données spatialisées et la réalisation de cartes directement dans R.
Le second module (numéroté 7) s’intéresse aux données particulières : dates, données textuelles, données circulaires que vous rencontrerez certainement durant votre carrière de biologiste.
Le second module du cours (module 8) vous préparera à l’élaboration d’un gros projet scientifique qui diffère des projets que vous avez traités jusqu’ici par le nombre d’étapes et de fichiers plus importants.
Le module 9 s’intéressera à la modularisation de votre code pour le rendre plus compréhensible et maintenable.
Enfin, le module 10 s’attaquera aux questions d’optimisation et de test de vos analyses et de votre code et abordera rapidement le calcul parallèle et sur le cloud.
Les statistiques spatiales, également en connexion avec les systèmes d’information géographique (SIG), représentent un très large sujet. Il intéresse potentiellement tout biologiste qui travaille avec des données spatialisées, qu’elles soient à 2, 3 ou 4 dimensions (écologie, environnement, épidémiologie, dynamique des populations, biodiversité, etc.) Il est impossible de l’aborder de manière exhaustive en un seul module. Il s’agit donc ici d’une première approche qui vise à vous montrer que R aussi peut être utile dans ce domaine. Voyez les liens dans les sections “pour en savoir plus” si vous voulez approfondir ce sujet.
Objectifs
Être capable de construire une carte dans R et d’y ajouter des éléments tels des points, des polygones, des colorations spécifiques en fonction d’une variable quantitative ou qualitative
Comprendre les principaux systèmes de coordonnées géographiques
S’initier à l’interpolation spatiale
Prérequis
Avant de vous lancer dans ce cours, vous devez installer et vous familiariser avec la SciViews Box 2025. Si ce n’est pas encore fait, retournez à la page d’accueil pour bien débuter.
L’utilisation d’un ordinateur, de RStudio et de (R) Markdown ne doivent plus avoir de secret pour vous ou presque.
À vous de jouer !
Vous devez aussi maîtriser les bases de Git et de GitHub (avoir un compte GitHub, savoir cloner un dépôt localement, travailler avec GitHub Desktop pour faire ses “commits”, “push” et “pull”).
À vous de jouer !
L’ensemble de ces outils a été abordé dans les cours précédents SDD I, SDD II et SDD III (les cinq premiers modules du présent document) que vous devez avoir réalisé avant d’entamer la matière du cours SDD IV : pratique.
Ce module est dans la continuité des modules 4 et 5 (fin du cours de SDD III) consacrés aux séries spatio-temporelles. Diverses notions, comme l’autocorrélation, sont également utiles ici. La section concernant la cartographie fait appel aux graphiques dans R qui constituent les modules 2 à 4 du cours SDD I.