RStudio – Science des données biologiques

Pour les exercices, nous utilisons RStudio dans une machine virtuelle.
Aller à mes ressources Saturn Cloud du cours dans l’organisation EcoNum
Aller à mes ressources personnelles Saturn Cloud
Sinon, voyez comment créer vos ressources ci-dessous.

Création de vos ressources Saturn Cloud

Saturn Cloud, notre partenaire pour la science de données dans le Cloud, va vous permettre d’exécuter R et RStudio confortablement sur des infrastructures dédiées et puissantes, quelles que soient les capacités de votre ordinateur. Nous vous proposons deux machines complètement configurées :

svbox2023fr que vous allez créer dans votre compte personnel gratuit. Utilisez cette ressource pour vos projets personnels, rédiger vos rapports de stages, votre mémoire de fin d’études, ou pour les autres cours que ceux de science des données à l’UMONS. Les utilisateurs non inscrits à l’un des cours à l’UMONS peuvent aussi l’utiliser pour réaliser les exercices, mais il faudra sans doute installer les packages BioDataScience|1|2|3 par vous-mêmes. Saturn Cloud vous offre généreusement 150h d’utilisation gratuite par mois, voir leurs conditions tarifaires.
svbox2023sdd dans l’organisation EcoNum. Vous ne pourrez créer cette ressource que suite à une invitation envoyée par vos enseignants. La ressource svbox2023sdd doit obligatoirement être utilisée pour les exercices du cours par les étudiants de l’UMONS qui y sont inscrits. Par contre, elle ne peut pas servir à d’autres tâches. Utilisez svbox2023fr dans votre compte personnel pour ces activités annexes hors cours.

Enregistrement et création de svbox2023fr perso

Voici les trois étapes à suivre :

Étape 1 : vous cliquez sur le lien suivant : https://go.sciviews.org /svbox2023fr_saturncloud. Si vous n’avez pas encore de compte dans Saturn Cloud, il vous sera proposé d’en créer un. Créez votre compte via GitHub à l’exclusion de tout autre choix. C’est important pour être bien reconnu•e ensuite.

Étape 2 : une boite de dialogue s’ouvre pour créer la ressource svbox2023fr. Cliquez sur Create.

Étape 3 : si votre compte est nouveau (les étudiants qui ont déjà utilisé Saturn Cloud l’an dernier ne doivent pas le refaire), vous allez créer une clé SSH d’identification (Git SSH Key) pour permettre l’interaction avec GitHub. Naviguez jusqu’à la page de gestion de votre compte Saturn Cloud à ce lien : https://app.community.saturnenterprise.io/dash/o/community/user-details/. Créez la clé et copiez-là dans le presse-papier à l’aide du bouton indiqué par la flèche rouge dans la copie d’écran ci-dessous. Il se peut que la présentation diffère par rapport à la copie d’écran, mais le principe reste le même. Il faut une clé copiée dans le presse-papier à la fin de l’opération.

Naviguez à présent vers votre profil GitHub, section « SSH and GPG keys » à l’adresse https://github.com/settings/keys. Cliquez sur le bouton vert New SSH Key. Indiquez comme titre « Saturn-Cloud » et collez votre clé dans le champ « Key » depuis le presse-papier. Ensuite, cliquez sur le bouton Add SSH key. Authentifiez-vous si c’est demandé.

Création de la ressource svbox2023sdd pour le cours

Attention : la suite ne pourra fonctionner que lorsque vous aurez rejoint l’organisation EcoNum dans Saturn Cloud. Ceci se fait sur base d’une invitation envoyée par mail par vos enseignants. Voyez les messages dans votre boite mail UMONS et acceptez cette invitation en cliquant sur le bouton Join EcoNum avant de poursuivre.

Une fois l’organisation EcoNum rejointe, vous pourrez cliquer sur le lien https://go.sciviews.org/svbox2023sdd_econum_saturncloud. La boite de création de la ressource svbox2023sdd s’ouvre. Si vous suivez le premier cours, cliquez directement sur le bouton Create.

Si vous suivez le cours 2, 3 ou 4 de science des données à l’UMONS, indiquez ce nombre à la fin du nom de la machine avant de cliquer sur Create (par exemple, si je suis étudiant•e en Bab3 et que mon cours est « Science des données II : modélisation », j’indique comme nom de machine « svbox2023sdd2 », c’est important pour un bon enregistrement de votre activité dans R/RStudio).

Voilà c’est tout, la nouvelle ressource Saturn Cloud de votre cours en 2023-2024 est prête ! Démarrez-là (voir ci-dessus).

Utilisation d’une ressource Saturn Cloud

Rejoignez la page « Resources » de votre compte Saturn Cloud soit dans l’organisation EcoNum (ressource du cours), soit dans votre espace personnel. Sélectionnez svbox2023fr ou svbox2023sdd en cliquant sur son lien (note : les copies d’écran font référence à svbox2022sdd de l’an dernier, mais l’interface n’a pratiquement pas changé).

Cliquez sur le bouton Start bleu. Une barre de progression apparait. Le processus peut prendre 10 à 15 min la première fois, mais il se fera beaucoup plus vite (quelques minutes tout de même) les fois suivantes.

Quand votre machine est prête, un rectangle vert « running » apparaît à côté de RStudio Server et le gros bouton bleu RStudio n’est plus grisé. Cliquez sur ce bouton pour accéder à votre logiciel. Une nouvelle page s’ouvre avec l’interface de RStudio. Votre machine virtuelle est opérationnelle. Bon travail !

Pour refermer une machine Saturn Cloud lorsque vous avez fini, vous pouvez cliquer sur le bouton On/OFF orange en haut à droite de la fenêtre de RStudio (indiqué par une flèche rouge dans la copie d’écran ci-dessous). Une boite de fin de session R s’affiche. La machine se ferme dans les 2-3min qui suivent. Pour plus de sécurité, vous pouvez aussi cliquer sur le bouton rouge Stop directement dans l’interface Saturn Cloud.

Pensez bien penser à refermer votre machine virtuelle quand vous avez terminé d’utiliser le logiciel. Sinon, elle continuera de fonctionner pendant encore une heure avant d’être fermée automatiquement… mais cela fera une heure de perdu inutilement soit dans votre compte personnel, soit dans celui du service EcoNum (où les ressources sont payantes à l’heure d’utilisation. C’est l’Université qui paye, mais autant être parcimonieux pour ne pas dépenser inutilement).

Identité dans svbox2023sdd pour le cours

Ceci concerne uniquement les étudiants UMONS qui suivent un des cours de science des données, et uniquement pour la ressource svbox2023sdd de l’organisation EcoNum, pas svbox2023fr dans le compte personnel. Pour vérifier si votre identité dans RStudio est la bonne, vous avez un Addin qui vous permet de la visualiser. Déroulez le menu du bouton Addins et sélectionnez User info dans la section BioDataScience. Votre identité telle qu’elle est reconnue dans RStudio s’affiche dans l’onglet Console.

Si votre identité ne s’affiche pas ou est incorrecte, voyez avec vos enseignants pour la corriger. Notez que votre identité n’est pas reconnue au premier démarrage de svbox2023sdd. C’est normal. Fermer la machine et redémarrez-là une seconde fois. Cela devrait être correct à présent.

Si le cours renseigné n’est pas le bon, vous avez peut-être oublié de changer le nom de la machine comme expliqué dans la partie création de la ressource. Faites appel à un de vos enseignants pour effectuer la correction.

En cas de problème non résolu, une identification alternative sur base d’un « hash »-code fournie par cette page est possible. La procédure n’est pas détaillée ici : c’est uniquement vos professeurs qui décideront si c’est nécessaire de l’utiliser et qui effectueront alors l’opération pour vous.

Si vous avez encore une SciViews Box 2022, vous n’en aurez plus besoin, vous pouvez l’effacer après avoir vérifié qu’elle ne contient pas de données importantes non sauvegardées (dans la page de la ressource : onglet Manage, puis tout en bas de page, bouton Delete).