RStudio – Science des données biologiques

Hé ! Je n’ai pas trouvé RStudio.
Si vous utilisez la SciViews Box 2022 en local sur votre ordinateur, assurez-vous de l’avoir bien démarrée (vous ne devriez pas voir cette page). Si au contraire, vous souhaitez utiliser le logiciel via Saturn Cloud, allez directement à la section Création d’une ressource Saturn Cloud ci-dessous.

Démarrage de la SciViews Box 2022 en local

Vous devez avoir démarré votre machine virtuelle pour pouvoir accéder à RStudio. Recherchez ‘SciViews Box 2022’ dans les applications, ou l’icône en forme de boite bleue marquée d’un ‘Sv’ et lancez-là.

Pour les étudiants qui suivent les cours de science des données à l’UMONS, (1) vous cliquez dans « l’easy launcher » sur le bouton en bas en forme de « %-ADN ». Il vous amène vers la page principale du cours ou vers Moodle selon les étapes d’enregistrement. (2) Vous vous assurez d’être bien enregistré (bandeau noir eu haut de page avec votre nom, retour à ce site via l’entrée « Cours » dans Moodle) et (3) vous cliquez ensuite sur le bouton bleu « RStudio » dans la barre de menu supérieure de la page pour accéder à RStudio en mode enregistrement de votre activité.
Pour les autres utilisateurs, la machine virtuelle sera démarrée et ensuite RStudio sera ouvert via le bouton « R cerclé de bleu ». Vous pouvez aussi démarrer la machine virtuelle en tâche de fond à partir du gros bouton « boite bleue Sv » en haut à gauche, et ensuite, le bouton bleu « RStudio » dans ce site sera réactif comme pour les étudiants UMONS (mais sans enregistrement de votre activité).

Installation

Pour installer la SciViews Box 2022, voyez avec vos enseignants… ou installez la version Saturn Cloud tel qu’expliqué ci-dessous.

Création d’une ressource Saturn Cloud

Au lieu d’utiliser la SciViews Box en local sur votre ordinateur, vous pouvez aussi utiliser une machine virtuelle sur Saturn Cloud. Voici comment faire :

Étape 1 : assurez vous d’être bien enregistré ici d’abord : vous êtes reconnu et votre login GitHub ou votre nom apparaît dans un bandeau noir en haut de cette page. De plus, vous êtes passé par Moodle UMONS, vous avez été dans la section correspondante du cours et vous avez cliqué sur le lien « Cours » pour récupérer vos informations académiques comme expliqué dans la page de départ. Une fois tout cela effectué, visitez cette page. Elle vous propose de copier une clé qui regroupe ces informations. Copiez-là dans le presse-papier.
Étape 2 : vous pourrez créer et configurer votre ressource dans Saturn Cloud via http://go.sciviews.org/svbox2022saturncloud. Il vous sera d’abord demandé de créer un compte. Faites-le via GitHub en cliquant sur le bouton « Continue with GitHub ». Entrez votre identifiant et votre mot de passe, puis cliquez « Sign in », et si l’identification à deux facteurs est activée, suivez la procédure qui vous demande votre seconde preuve d’identification.

Ensuite, une fois votre compte créé, une boite de dialogue vous propose de créer une nouvelle ressource. Cliquez sur « Create » (vous pouvez changer le nom pour éviter un conflit avec une ressource existante si vous en créer plusieurs, mais sinon, nous vous recommandons de garder le nom svbox2022sdd proposé).

Étape 3 : une fois la ressource crée, vous allez maintenant devoir créer deux clés secrètes qui vous permettront de vous identifier par rapport au cours. Allez dans la section à gauche « Secrets », ensuite cliquez sur le bouton « New ».

Indiquez comme nom: « sdd-user-2022 » et collez la clé depuis le presse-papier dans la zone de texte « Value » (si vous n’avez plus cette clé, refaites l’étape 1 pour la récupérer). Notez bien que si vous suivez plusieurs cours la même année, vous aurez plusieurs identifications. Maintenez-les séparées. Indiquez « sdd-user-2022-1 » pour le cours de science des données 1 et « sdd-user-2022-2 » pour le cours de science des données 2. Cliquez ensuite sur le bouton « Add » pour créer ce premier secret.

Créez une seconde clé secrète avec le bouton « New » et nommez-la « sdd-password-2022 », mais ne l’ajoutez pas encore. Laisser la boite de dialogue tel quel et appelez un de vos enseignants pour qu’il vérifie ce que vous avez fait jusqu’ici. Une fois la vérification effectuée, il entrera alors la clé qui donne accès à l’enregistrement de votre activité du cours dans le champ « Value » et il l’ajoutera pour vous.
Retournez dans la section « Resources », sélectionnez votre ressource svbox2022sdd en cliquant dessus et allez dans l’onglet « Secrets ». Vous avez deux items « SDD_PASSWORD_2022 » et « SDD_USER_2022 ». Vous devez les associer aux bonnes clés secrètes de votre compte (celles que vous venez de créer à l’instant) en cliquant sur le bouton bleu dans la colonne « Actions ». Sélectionnez le secret correspondant et cliquez « Save ». Faites de même pour l’autre.

Vous devez obtenir quelque chose comme ci-dessous à la fin de cette étape :

Étape 4 : vous allez maintenant permettre à Saturn Cloud d’accéder à vos données sur GitHub. Cliquez en haut à gauche sur « USER » et choisissez « Manage <votre_login> ». Descendez dans cette page jusqu’à « Git SSH Key ». Générez une clé et copiez-là dans le presse-papier à l’aide du bouton avec une icône correspondante à droite (voir flèche).

Ouvrez une nouvelle page et naviguez vers https://github.com. Cliquez en haut à droite sur votre avatar et choisissez « Settings » dans le menu.

Ensuite sélectionnez la section « SSH and GPG keys » à gauche.
Cliquez sur le bouton vert « New SSH Key ». Indiquez comme titre « Saturn-Cloud » et collez votre clé dans le champ « Key ». Ensuite, cliquez sur le bouton « Add SSH key ». Authentifiez-vous si c’est demandé.

Étape 5 : retournez dans la page Saturn Cloud, dans la section « Resources » (vous pouvez fermer la page GitHub). Il est temps maintenant de démarrer votre ressource. Descendez dans la page jusqu’à la ressource que vous avez créée. Ouvrez-la en cliquant dessus.

Cliquez à présent sur le bouton « Start ». Une barre de progression apparait. Le processus pent prendre 10 à 15 min la première fois, mais il se fera beaucoup plus vite (moins de 1min la plupart du temps) les fois suivantes.

Quand votre machine est prête, un rectangle vert « running » apparaît à côté de RStudio Server et le gros bouton bleu « RStudio » n’est plus grisé. Cliquez sur ce bouton pour accéder au logiciel du cours. Une nouvelle page s’ouvre et vous découvrez pour la première fois l’interface de RStudio. Appelez à nouveau un enseignant pour qu’il fasse une ultime vérification… et vous avez fini !

Utilisation de RStudio depuis Saturn Cloud

Une fois la ressource installée et configurée, il vous suffit d’aller directement à https://saturncloud.io, de cliquer sur votre ressource svbox2022sdd et puis sur le bouton bleu « Start » pour la démarrer. Après quelques dizaines de secondes, le gros bouton bleu « RStudio » n’est plus grisé. Vous cliquez alors dessus pour accéder au logiciel. C’est tout !

La seule chose à laquelle il faut faire attention, c’est de bien penser à revenir vers cette page sur Saturn Cloud et à cliquer sur le bouton « Stop » quand vous avez terminé d’utiliser le logiciel. Sinon, il continue à fonctionner pendant encore une heure avant d’être fermé automatiquement… mais cela fera une heure de perdu inutilement.

Surveillez le compteur du temps restant : avec le compte gratuit, vous avez droit à 30h d’utilisation par mois. Cela devrait largement suffire si vous gérer bien votre compte et si vous pensez bien à arrêter la machine dès que vous avez terminé. Bon travail !