Bien débuter…

Avant d’utiliser le matériel didactique lié à votre cours de Science des Données Biologiques à l’UMONS, vous devez configurer votre environnement de travail (pour les étudiants de l’UMONS, nous ferons cela ensemble, donc venez avec votre ordinateur, votre login et votre mot de passe UMONS) :

  • Si vous en possédez un, vérifier que votre ordinateur portable sous Windows 8.1 ou 10 64bit, MacOS mis-à-jour vers l’une des dernières versions supportées Mojave, Catalina ou Big Sur (seuls les Macs avec processeur Intel) ou Linux 64bit récent soit suffisamment puissant pour exécuter les logiciels que nous utiliserons. NovaBench vous permet de le tester. Il faut que vous obteniez au moins 800 au score global, 400 au score processeur (CPU), 150 au score de la mémoire vive (RAM) et au score de la carte graphique (GPU), et 75 au score disque pour un travail confortable. Les PCs équipés de processeurs trop lents ou de moins de 8Go de mémoire vive ne conviennent pas. Il faut aussi 25 à 30Go de libre minimum sur le disque dur système principal (le C: sous Windows), et bien évidemment un accès administrateur sur l’ordinateur pour pouvoir installer les logiciels.
Exemple de résultat Novabench correct pour le travail qui nous attend.
  • Si vous souhaitez acheter un ordinateur portable qui convienne pour le cours et que vous pourrez utiliser tout au long de vos études, y compris pour rédiger votre mémoire de fin d’études, suivez ces recommandations (montrez éventuellement ces recommandations au vendeur si vous n’êtes pas sûr) :
    • Attention ! beaucoup de machines premiers prix ne conviennent pas car elles sont prévues uniquement pour naviguer sur Internet, visionner des vidéos et éventuellement écrire un court texte en Word, mais pas pour votre travail de biologiste.
    • Portable de 15 pouces (14 ou 13 pouces plus léger et transportable si c’est important pour vous, mais moins agréable à l’usage).
    • Système : Windows 10 64bit ou MacOS (ou Linux 64bit récent).
    • Processeur Intel Core i3, i5, i7 ou i9 de 8ème génération au moins sauf ceux dont l’identifiant contient la lettre ‘Y’, ou AMD Ryzen. Les AMD Ryzen sont plus performants pour un prix équivalent. Les Intel de 7ème génération conviennent aussi, sauf les i3 dont l’identifiant contient la lettre ‘U’ ou ‘Y’. Évitez les processeurs trop lents AMD A4, A6, …, les Pentium, Celeron, Atom, … (à quelques exceptions près). Attention ! Les processeurs M1 non-Intel pour les machines Apple ne conviennent pas car ils sont incapables de faire fonctionner la SciViews Box !
    • 8Go de mémoire vive minimum
    • Disque SSD rapide de 256Go minimum
    • Résolution d’écran de 1600×900 minimum, 1920×1080 conseillé. Peu importe la carte graphique.
    • Vérifiez les ports disponibles et prévoyez des convertisseurs si nécessaire (les PC haut de gamme tendent à se limiter à des ports de type USB-C uniquement, ayez alors un convertisseur USB-C vers USB-A au minimum).
    • Pour le budget, de tels PC portables se trouvent déjà entre 600 et 700€ neufs avec Windows 10 (ACER, ASUS, HP, Huawei, Lenovo, …). Pour un Mac, il faut compter un minimum de 1200€ par contre (MacBook Air).
    • Si vous achetez un PC d’occasion, vérifiez les caractéristiques, et en particulier, la vitesse du processeur sur NovaBench qui doit avoir un score supérieur ou égal à 400. Il faut aussi Windows 10 64bit dessus. Les MacBook (Air ou Pro) sont durables et se revendent bien d’occasion, mais évitez les machines de plus de 5 ans ainsi que les MacBook 12 trop lents et limités pour votre usage, ainsi que toute machine qui aurait moins de 256Go d’espace disque ou 8Go de mémoire vive.
  • Pour les étudiants de l’UMONS qui ne possèdent pas d’ordinateur portable, ou un ordinateur pas assez puissant, vous aurez accès aux machines dans les salles informatiques, et d’autres solutions vous seront proposées (accès au logiciel à distance via votre navigateur web ou via Microsoft Remote Desktop). Une clé USB rapide au standard USB 3.0 ou un disque dur portable est utile dans ce cas pour stocker et transporter vos données.
Une clé USB au standard 3.0 ou 3.1 se reconnait au connecteur de couleur bleue à l’intérieur ou alors au petit connecteur de type USB-C plat et aux bords arrondis pour les plus récentes.

Le matériel que vous devez amener au cours est donc le suivant : votre ordinateur portable si vous en possédez un, votre login, adresse mail et mot de passe UMONS (ce qui implique que vous soyez dûment inscrit), ainsi que des écouteurs pour pouvoir visionner des vidéos avec le son sans déranger vos voisins.

La suite sera réalisée lors du premier cours si vous êtes étudiant UMONS, ne vous précipitez pas ! Pour les autres visiteurs, voici la procédure à suivre :

  • Visionnez attentivement la présentation ci-dessous et répondez aux questions qui s’y trouvent pour comprendre ce qu’est GitHub et comment y créer un compte (vous pouvez agrandir la présentation en cliquant sur le bouton ⤢ dans le coin inférieur droit). Créez ensuite votre compte GitHub.

Si vous avez bien suivi les instructions, votre compte GitHub doit être créé maintenant. Au passage vous venez aussi de découvrir les outils interactifs qui mélangent du matériel pédagogique (présentation, vidéo, démonstration, …) avec des quiz en ligne. Plus tard, ces exercices seront comptabilisés pour suivre votre progression. Soyez rigoureux et appliqué !

  • Pour les étudiants de l’UMONS, enregistrez-vous ici via l’application Github BioDataScience. Un bouton bleu avec le logo GitHub apparait en tête du menu en haut à gauche sur cette page, avec ou sans texte selon la taille de la fenêtre. Remontez maintenant en haut de page, cliquez sur le bouton et rentrez les informations de votre compte GitHub fraîchement créé pour vous connecter.

Dès que vous êtes enregistré et connecté, un bandeau noir de contrôle du site tout en haut de la page vous l’indique. Dorénavant, vérifiez toujours si ce bandeau noir est présent. Si le bandeau n’est pas là, vous n’êtes pas connecté. Où que vous soyez sur le site, revenez alors à cette page en cliquant sur « Science des données biologiques » dans la zone de menu rouge et cliquez ensuite sur ce gros bouton bleu GitHub pour vous connecter.

Ici, vous êtes correctement enregistré dans le site du cours.
Ici, vous ne l’êtes pas. Vous aurez accès au matériel pédagogique, mais votre progression dans la matière ne sera pas enregistrée !

Les autres visiteurs ont accès au site et aux exercices de manière anonyme et leur progression n’est pas enregistrée. Pour les étudiants de l’UMONS, vous allez devoir également passer par Moodle après votre login GitHub pour vous y enregistrer dans l’espace de votre cours et pour récupérer les informations correspondantes. Cliquez sur « Moodle » dans le bandeau rouge en haut de page. Ensuite, connectez-vous avec votre login et mot de passe UMONS, naviguez vers votre cours de Science des Données (attention : choisissez le bon cours « Science des Données … » pour les étudiants Montois et « Bio-Informatique et Science des Données … » pour les étudiants de Charleroi). Ensuite, cliquez sur l’item « Cours » dans la page qui s’ouvre.

Pour les étudiants de l’UMONS, il est indispensable de passer par Moodle et de cliquer sur l’item « Cours » après votre login GitHub pour être correctement enregistré dans la base de donnée qui suivra votre progression.
  • Installez la SciViews Box 2021, en suivant ces instructions (contactez votre professeur si vous avez besoin d’aide). La SciViews Box est une machine virtuelle, un ordinateur dans l’ordinateur si vous préférez, qui contient tous les logiciels nécessaires au cours de Science des Données Biologiques préinstallés et préconfigurés.
La SciViews Box 2021 est présentée ici avec la page d’accueil de RStudio, le logiciel que nous utiliserons le plus dans le cours. Notez bien que, même s’il est possible de lancer RStudio à l’intérieur de la box, pour les étudiants qui suivent ces cours, nous vous demandons d’utiliser uniquement le bouton bleu « RStudio » dans la bannière supérieure du site (voir ci-dessous).
  • Lorsque la SciViews Box est installée et démarrée, vous pourrez accéder à RStudio à l’intérieur de cette machine virtuelle (RStudio est le logiciel que nous utiliserons le plus souvent dans le cadre du cours) en cliquant sur le bouton bleu « RStudio » dans le bandeau en haut de page. Ce n’est qu’en utilisant ce bouton que vous vous enregistrerez correctement dans le logiciel en qualité d’étudiant de l’UMONS. Pour les autres utilisateurs, toute autre manière de lancer RStudio convient aussi.
Le bouton RStudio qui lance ce programme tout en vous enregistrant se trouve ici en haut de la page. Pour les étudiants de l’UMONS, il faut l’utiliser comme unique moyen de démarrage de RStudio, systématiquement, et après avoir vérifié l’enregistrement correct sur le site.
  • Enfin, si vous le souhaitez, vous pouvez prendre connaissance de la façon dont vos données personnelles seront collectées et utilisées dans le respect du RGPD (Règlement Général sur la Protection des Données) pour évaluer votre progression, pour améliorer le matériel pédagogique mis à votre disposition et … pour la science.

Une fois le logiciel installé et votre enregistrement réalisé, vous avez un environnement informatique riche et un contenu interactif personnalisé dans les cours en ligne. Le suivi de votre progression est actif. Vous êtes prêt pour vous lancer dans l’apprentissage de la science des données. Pour démarrer, sélectionnez votre cours dans la section contenu des cours en haut de cette page. A partir de maintenant, vous pouvez utiliser le bouton du lanceur rapide qui démarrera automatiquement la SciViews Box et vous amènera vers votre cours en ligne en une seule opération.

Avec le lanceur rapide de la SciViews Box, vous démarrez la box et accédez à vos applications principales en un seul clic sur le bouton « %-ADN » (entouré de bleu).

Bienvenue dans le cours de Science des Données Biologiques de l’Université de Mons !

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