Bien débuter…

Avant d’utiliser le matériel didactique lié à votre cours de Science des Données Biologiques à l’UMONS, vous devez configurer votre environnement de travail (pour les étudiants de l’UMONS, nous ferons cela ensemble, donc venez avec votre ordinateur, votre login et votre mot de passe UMONS) :

• Si vous en possédez un, vérifier que votre ordinateur portable sous Windows 10 ou 11 64bit, MacOS mis-à-jour vers l’une des dernières versions supportées Mojave, Catalina, Big Sur ou Monterey ou Linux 64bit récent soit suffisamment puissant pour exécuter les logiciels que nous utiliserons. NovaBench vous permet de le tester. Il faut que vous obteniez au moins 800 au score global, 400 au score processeur (CPU), 150 au score de la mémoire vive (RAM) et au score de la carte graphique (GPU), et 75 au score disque pour un travail confortable. Les PCs équipés de processeurs trop lents ou de moins de 8Go de mémoire vive ne conviennent pas. Pour l’installation locale du logiciel, il faut aussi 25 à 30Go de libre minimum sur le disque dur système principal (le C: sous Windows), et bien évidemment un accès administrateur sur l’ordinateur. Pour une utilisation sur le cloud, vous pouvez diviser toutes les valeurs ci-dessus par deux, et une dizaine de Go de libre suffisent tout en gardant une marge suffisante.

• Si vous souhaitez acheter un ordinateur portable qui convienne pour le cours et que vous pourrez utiliser tout au long de vos études, y compris pour rédiger votre mémoire de fin d’études, suivez ces recommandations (montrez éventuellement ces recommandations au vendeur si vous n’êtes pas sûr) :
  • Attention ! beaucoup de machines premiers prix ne conviennent pas car elles sont prévues uniquement pour naviguer sur Internet, visionner des vidéos et éventuellement écrire un court texte en Word, mais pas pour votre travail de biologiste.
  • Portable de 15 pouces (14 ou 13 pouces plus léger et transportable si c’est important pour vous, mais moins agréable à l’usage).
  • Système : Windows 10 ou 11 64bit ou MacOS (ou Linux 64bit récent).
  • Processeur Intel Core i3, i5, i7 ou i9 de 8ème génération au moins sauf ceux dont l’identifiant contient la lettre ‘Y’, ou AMD Ryzen. Les AMD Ryzen sont plus performants pour un prix équivalent. Les Intel de 7ème génération conviennent aussi, sauf les i3 dont l’identifiant contient la lettre ‘U’ ou ‘Y’. Évitez les processeurs trop lents AMD A4, A6, …, les Pentium, Celeron, Atom, … (à quelques exceptions près). Attention ! Les MacBooks (Air|Pro) à processeurs M1 ou M2 non-Intel ne peuvent faire fonctionner la SciViews Box que via le cloud, mais à part cela, ce sont de très bonnes machine !
  • 8Go de mémoire vive minimum
  • Disque SSD rapide de 256Go minimum
  • Résolution d’écran de 1600×900 minimum, 1920×1080 conseillé. Peu importe la carte graphique.
  • Vérifiez les ports disponibles et prévoyez des convertisseurs si nécessaire (les PC haut de gamme tendent à se limiter à des ports de type USB-C uniquement, ayez alors un convertisseur USB-C vers USB-A au minimum).
  • Pour le budget, de tels PC portables se trouvent déjà entre 450 et 700€ neufs hors promotions avec Windows 11 (ACER, ASUS, HP, Huawei, Lenovo, …). Pour un Mac, il faut compter un minimum de 1200€ par contre (MacBook Air).
  • Si vous achetez un PC d’occasion, vérifiez les caractéristiques, et en particulier, la vitesse du processeur sur NovaBench qui doit avoir un score supérieur ou égal à 400. Il faut aussi Windows 10 64bit au minimum dessus. Les MacBook (Air ou Pro) sont durables et se revendent bien d’occasion, mais évitez les machines de plus de 5 ans ainsi que les MacBook 12 trop lents et limités pour votre usage, ainsi que toute machine qui aurait moins de 256Go d’espace disque ou 8Go de mémoire vive.
• Pour les étudiants de l’UMONS qui ne possèdent pas d’ordinateur portable, ou un ordinateur pas assez puissant, vous aurez accès aux machines dans les salles informatiques ainsi qu’au logiciel sur le cloud. D’autres solutions pourront aussi vous être proposées (accès au logiciel à distance via votre navigateur web ou via Microsoft Remote Desktop). Une clé USB rapide au standard USB 3.0 ou un disque dur portable est utile dans ce cas pour stocker et transporter vos données.

La suite sera réalisée lors du premier cours si vous êtes étudiant UMONS, ne vous précipitez pas ! Pour les autres visiteurs, voici la procédure à suivre :

• Visionnez attentivement la présentation ci-dessous et répondez aux questions qui s’y trouvent pour comprendre ce qu’est GitHub et comment y créer un compte (vous pouvez agrandir la présentation en cliquant sur le bouton ⤢ dans le coin inférieur droit). Créez ensuite votre compte GitHub.

Si vous avez bien suivi les instructions, votre compte GitHub doit être créé maintenant. Au passage vous venez aussi de découvrir les outils interactifs qui mélangent du matériel pédagogique (présentation, vidéo, démonstration, …) avec des quiz en ligne. Plus tard, ces exercices seront comptabilisés pour suivre votre progression. Soyez rigoureux et appliqué !

• Pour les étudiants de l’UMONS, enregistrez-vous ici via l’application Github BioDataScience. Un bouton bleu avec le logo GitHub apparait en tête du menu en haut à gauche sur cette page, avec ou sans texte selon la taille de la fenêtre. Remontez maintenant en haut de page, cliquez sur le bouton et rentrez les informations de votre compte GitHub fraîchement créé pour vous connecter.

Dès que vous êtes enregistré et connecté, un bandeau noir de contrôle du site tout en haut de la page vous l’indique. Dorénavant, vérifiez toujours si ce bandeau noir est présent. Si le bandeau n’est pas là, vous n’êtes pas connecté. Où que vous soyez sur le site, revenez alors à cette page en cliquant sur « Science des données biologiques » dans la zone de menu rouge et cliquez ensuite sur ce gros bouton bleu GitHub pour vous connecter.

Les autres visiteurs ont accès au site et aux exercices de manière anonyme et leur progression n’est pas enregistrée. Pour les étudiants de l’UMONS, vous allez devoir également passer par Moodle après votre login GitHub pour vous y enregistrer dans l’espace de votre cours et pour récupérer les informations correspondantes. Cliquez sur « Moodle » dans le bandeau rouge en haut de page. Ensuite, connectez-vous avec votre login et mot de passe UMONS, naviguez vers votre cours de Science des Données (attention : choisissez le bon cours « Science des Données … » pour les étudiants Montois et « Bio-Informatique et Science des Données … » pour les étudiants de Charleroi), ainsi que, le cas échéant, la section relative au bon quadrimestre : Q1 pour septembre, Q2 pour février. Ensuite, cliquez sur l’item « Cours » dans la page qui s’ouvre.

• Pour installez les logiciels nécessaires pour le cours (R et RStudio), vous cliquez ensuite sur le bouton « RStudio » sur fond bleu en haut à droite de cette page et vous suivez les instructions qui s’affichent (pour les étudiants de l’UMONS, ceci sera réalisé avec vos enseignants au cours de la première séance en présentiel).

• Enfin, si vous le souhaitez, vous pouvez prendre connaissance de la façon dont vos données personnelles seront collectées et utilisées dans le respect du RGPD (Règlement Général sur la Protection des Données) pour évaluer votre progression, pour améliorer le matériel pédagogique mis à votre disposition et … pour la science.

Une fois le logiciel installé et votre enregistrement réalisé, vous avez un environnement informatique riche et un contenu interactif personnalisé dans les cours en ligne. Le suivi de votre progression est actif. Vous êtes prêt pour vous lancer dans l’apprentissage de la science des données. Pour démarrer, sélectionnez votre cours dans la section contenu des cours en haut de cette page.

Bienvenue dans le cours de Science des Données Biologiques de l’Université de Mons !